北条氏の台頭

　すぐれた指導者である頼朝のもとでは、将軍独裁の体制で政治は運営されていたが、頼朝の死後、あいついで将軍となった若い頼家と実朝の時代になると、御家人中心の政治を求める動きが強まった。
それとともに有力な御家人のあいだで幕府の主導権をめぐる激しい争いが続き、多くの御家人がほろんでいった。
そのなかで勢力をのばしてきたのが、伊豆の在庁官人出身の北条氏である。
１２０３年、頼朝の妻政子の父である北条時政は、将軍頼家を廃して、弟の実朝をたて、幕府の実権をにぎった。この時政の地位は執権とよばれて子の義時に継承されたが、さらに義時は侍所の長官であった和田義盛をほろぼし、政所と侍所の長官をかねてその地位をかためた。
これ以後、執権は北条氏一族のあいだで世襲されるようになった。

承久の乱

　京都の朝廷では、幕府の成立と勢力の拡大に直面して、これまでの朝廷の政治の建て直しが行われた。
その中心にあったのが後鳥羽上皇である。上皇は、分散していた広大な天皇家領の荘園を上皇の手中におさめるとともに、あらたに西面の武士を置いて軍事力の増強をはかるなど院政を強化し、幕府と対決して朝廷の勢力を挽回しようとする動きを強めた。
そのなかで１２１９年、将軍実朝が頼家の遺児公暁に暗殺された事件をきっかけに、朝幕関係は不安定となった。
１２２１年、後鳥羽上皇は、畿内・西国の武士や大寺院の僧兵、さらに北条氏の勢力の強化に反発する東国武士の一部をも見方にひきいれて、ついに義時の子泰時、弟の時房らのひきいる軍をおくり京都をせめた。１ヶ月ののち、戦いは幕府の圧倒的な勝利におわり、後鳥羽・土御門・順徳の３上皇の配流と仲恭天皇の廃位が行われた。これが承久の乱である。
乱後、幕府は皇位の継承に介入するとともに、京都にはあらたに六波羅探題をおいて、朝廷の監視、京都の内外の警備、および西国の統轄にあたらせた。
また、上皇方についた貴族や武士の所領３０００余箇所を没収し、戦攻のあった御家人らをその地の地頭に任命した。
これによって畿内・西国の荘園・公領にも幕府の力が広く及ぶようになった。朝廷では以後も引き続き院政が行われたが、この乱によって、朝廷と幕府との二元支配の様相が大きくかわり、幕府は優位にたって、皇位の継承や朝廷の政治も鑑賞するようになった。